站務板塊經過整合，組建了南京公路客運站務有限公司，下設南京汽車客運站、汽車客運南站、汽車東站、客運北站、江寧站和葛塘站等6家客運站及南京聯網售票服務中心，管理進站班線300余條，日發客流5萬人次，高峰日發18萬人次。站務公司成立后，打破班線資源在各車站之間的流動瓶頸，根據旅客流量、流向合理調配全市班線資源，便捷更多的旅客出行需求。隨著高鐵南京北站進入十三五計劃，未來江北客運站也將依高鐵站而建，并規劃建設泰馮路客運站。
南京汽車客運站（別名：小紅山客運站、南京小紅山站）位于南京市玄武區紅山路1號，比鄰南京火車站北站房，位于紅山南路以南，南京火車站站北廣場東邊，屬于鐵路南京火車站綜合樞紐的重要組成部分。南京汽車客運站是一級客運站，現有21個常規售票窗口和10個臨時售票窗口；配備18臺自助售票機（其中1臺為現金售票機），24小時售票；車站啟用智能自助閘機，網上購票的乘客可以直接刷身份證進站乘車；車站檢票平臺劃分為上下兩層，共44個檢票門號；車站共有進站班車800多輛，客運班線380多條，正班日發班次約1100班，車站日發送旅客1.5萬人次左右，節日高峰可達6萬人次，班車遍及全國19個省64個地區。旅客可乘坐南京地鐵1號線、南京地鐵3號線至南京站到達。南京汽車客運站緊靠南京火車站，10分鐘之內步行可實現普鐵、動車、高鐵、長途汽車與公交車、出租車、地鐵、機場大巴的無縫換乘。
南京汽車客運南站位于南京市雨花臺區玉蘭路98號，是南京南部新城核心區，比鄰亞洲最大高鐵站南京南站，是中國首家實現火車、長途客運、地鐵、市內公交、出租車、社會車輛等6種運輸方式無縫鏈接和零距離換乘的新型智能化綜合樞紐汽車客運站，列為國家重點示范工程。南京汽車客運南站是一級客運站，設有發車位23個，檢票口21個，售票窗口22個，配備直升電梯及多部扶手電梯。營運班線156條，輻射范圍覆蓋山東、浙江、湖北、安徽等六省，平均日發送班車780個班次，運送旅客約1.8萬人次，節假日最高單日運送旅客量7.5萬人次。旅客可乘坐南京地鐵1號線、南京地鐵3號線、南京地鐵S1、S3號線至南京南站到達。南京汽車客運南站緊靠南京火車南站，10分鐘之內步行可實現普鐵、動車、高鐵、長途汽車與公交車、出租車、地鐵、機場大巴的無縫換乘。
南京長途汽車東站位于南京市玄武區花園路17號，是多功能公用型一級客運站。車站始建于1989年，占地總面積50000平方米，北接312國道，西與南京火車站相距2.5公里，交通便利。車站現有售票窗口13個，檢票口22個，發車位26個，停車位100個。經營線路近百條，主要擔負江蘇省蘇南、揚州、泰州地區和浙江、福建、廣東、河北、江西、湖南、皖南等7省地區的長途客運任務。輻射江蘇、浙江、福建、江西、河南、河北、安徽、廣東等省近百余個市縣。在營班車有現代、大宇、沃爾沃、凱思鮑爾、金龍、宇通等各類高中檔車型。日發班次400余班，日均發送旅客5000人/次，高峰時旅客出口量可達3萬人。
江寧汽車客運站是省交通廳核準的二級客運站，成立于2008年1月，坐落在江寧科學園區內，位于天元東路388號，傍鄰江寧大學城南京江寧義烏小商品城，東臨寧杭高速，南接繞越高速。區內公交有803路、806路、827路、817路、819路、822路、829路、851線、832線、839直達車站。車站占地面積2.5萬平方米，建筑面積2500米，設計年度日旅客發送量6400人次。車站各類服務設施齊全，擁有6個全市聯網的電腦售票窗口，6個檢票發車門號。目前車站日發長途班次近80班，主要發往上海；江蘇的徐州、宿遷、連云港、淮安、鹽城、泰州、南通、揚州、蘇州、無錫、常州等地區；山東單縣；安徽六安、泗縣；河南固始等。江寧汽車客運站還開通了江寧至南京市區的城郊快客班車。
南京葛塘汽車客運站為二級汽車客運站，位于南京化學工業園區寧六路400號，雍莊立交與葛塘立交之間。葛塘站區位優越輻射面廣，依托雍莊立交，北通魯冀、南達滬杭、西到皖豫、東至通揚，是省會城市南京的門戶。葛塘站服務圈輻射范圍包括南京化學工業園區、六合區、浦口區。葛塘站占地面積14畝，建筑總面積5736平方米，停車場地6000平方米，公共基礎設施配套齊全，設計日發旅客量5000人次。目前隨著地鐵S8號線的貫通，葛塘站年發送旅客已逾60萬，并實現與南京各公路客運站聯網售票和一線通配載。
南京橋北汽車客運站為二級汽車客運站，于1999年1月建設投運，位于南京長江大橋北端，大橋北路22-1號。車站占地面積13000平方米，站房建筑面積3000平方米，站前廣場2000平方米，停發車場8000平方米?，F有進站班車近240輛，進站線路90條，平日發班300余班次，日均發送旅客1700人次，節假日客流高峰期間，日發送旅客8000人。主要客流方向為淮安地區、揚州地區、巢湖地區、滁州地區。